Veliko novih virusov

Mednarodna skupina znanstvenikov je s svojim delom naredila velik korak naprej k razumevanju in odkrivanju raznolikosti virusov na našem planetu. Z uporabo novih računalniških orodij so v bazah podatkov odkrili več kot 130 tisoč RNK-virusov. Rezultate, ki pomenijo desetkratno povečanje v številu znanih RNK-virusov, so objavili v reviji Nature. 

Javno dostopne baze sekvenčnih podatkov so zbirka zaporedij DNK in RNK, pridobljenih iz vzorcev z vsega sveta. Z vzpostavitvijo računalniške infrastrukture, imenovane Serratus, so v študiji ponovno analizirali dvajset milijonov gigabajtov sekvenčnih podatkov iz približno šest milijonov bioloških vzorcev. Iskali so specifično zaporedje gena od RNK odvisne RNK-polimeraze, ki je značilno za vse RNK-viruse. S tem so pregledali sekvenčne podatke vzorcev z vseh kontinentov in iz oceanov ter raziskav najrazličnejših organizmov, ki jih je zbirala in javno delila znanstvena skupnost v zadnjih trinajstih letih. 

Tako so našli sledi več kot 130 tisoč različnih virusov, od katerih je samo petnajst tisoč že znanih in opisanih virusnih vrst. Večinoma gre torej za nove viruse, ki okužujejo različne organizme, od človeka in drugih sesalcev do preprostih nevretenčarjev ter rastlin. Za številne odkrite v okoljskih vzorcih pa gostitelja ne poznamo. Podrobna analiza izbranih virusnih družin je na primer odkrila devet novih koronavirusnih vrst, vključno z novimi koronavirusi rib in dvoživk. 

Pomemben del študije je tudi oblikovanje javno dostopne baze, ki vsebuje podatke o novo odkritih virusnih sekvencah. Ti so skupaj z veliko količino značilnosti izvornih vzorcev na voljo vsem, ki želijo poglobiti analize za specifične virusne ali gostiteljske skupine. Prav trenutna pandemija je izpostavila potrebo po hitrem in transparentnem deljenju podatkov znotraj znanstvene skupnosti. Omenjena študija je dober primer uporabe javnih podatkov in deljenja novih rezultatov.

Odkrivanje novih virusov in razširjanje znanja o njihovi raznolikosti je pomembno za hitro zaznavanje nevarnih patogenih virusov ter njihovega izvora, možnih prenosov na ljudi in s tem pomeni boljšo pripravljenost na prihodnje epidemije. To pa ni omejeno samo na človeške viruse, vendar velja tudi za rastlinske in živalske patogene. 

ZbritOFF je pripravila Katarina.